1980年，卫生部建立“卫生部卫生干部进修班”，为部直属单位。

1986年3月，卫生部党组批准原“卫生部干部进修班”改为“中国共产党卫生部党校”。

1991年12月，卫生部党组批准原卫生部党校改为卫生部干部培训中心，并保留卫生部党校牌子，以原党校职能为主。

1996年2月，中编办正式批准卫生部干部培训中心全额拨款事业编制50人。

2009年9月，中央编办批复同意卫生部干部培训中心加挂“卫生部党校”牌子。

2014年9月，卫生部干部培训中心（卫生部党校）与国家人口计生委培训交流中心合并成立国家卫生计生委干部培训中心（国家卫生计生委党校），中编办批准财政补助事业编制50人。（其中国家人口计生委培训交流中心于1994年10月经中编办批准，1999年正式成立，2003年更名为国家人口计生委培训交流中心）

2019年2月，国家卫生计生委干部培训中心（国家卫生计生委党校）更名为国家卫生健康委干部培训中心（国家卫生健康委党校），中编办批准财政补助事业编制50人。